PHƯƠNG PHÁP THAM GIA THÍ NGHIỆM THIẾT KẾ THUỐC CHỮA TRỊ Covid-19 VỚI ViDok
ViDok là công cụ duy nhất hiện nay, một ứng dụng di động, cho phép người dùng không có nhiều kiến thức khoa học về phát triển dược phẩm ở mọi nơi trên thế giới có thể tham gia vào công trình nghiên cứu khoa học về phát triển thuốc chữa trị bệnh (hiện tại cho covid-19) và từ đó có thể hiểu thêm về quy trình phát triển thuốc ở các hãng thuống tây hay ở các phòng thí nghiệm ở các trường đại học.
Nếu bạn muốn tham gia vào công trình này trước hết download ViDok app ở Apple Store hay Google Play.
1. Khi mở app, bạn sẽ thấy trang có ba vòng tròn (Ligands, Target, Docked Results). Ligands là thư viện các ứng viên thuốc, Target là mục tiêu bệnh, hiện là chất đạm Protease chính của covid-19 virus, và Docked Results là kết quả sàng lọc hiện có.
2. Bạn nhấp vào Ligands thì nó mở ra danh sách ứng viên thuốc, bạn có thể dùng ngón tay lướt qua để xem danh sách. Khi bạn thấy thú vị với một ứng viên nào thì nhấp vào ảnh, nó sẽ mở cho bạn màn hình để xem cấu trúc 3D của ứng viên ấy. Ở trang đó bạn thấy nút ‘SUBMIT’. Khi bạn nhấp vào nút này thì nó sẽ gửi yêu cầu tính toán khả năng ức chế tính năng của bệnh bởi ứng viên ấy lên hệ thống tình toán đám mây. Tuy phần mềm cho mô phỏng này được chạy trên hệ thống máy tính lớn nhưng cũng mất vài phút. Bạn có thể chờ hoặc qua app khác trên ĐT và trở lại sau vài phút.
3. Khi xong thì ViDok mở trang kết quả, bạn có thể để ý hàng trên cùng thì sẽ thấy thứ hạng (ranking) ở thời điểm ấy (khi có kết quả thêm mới thì ranking sẽ thay đổi), binding energy là độ bám của ứng viên thuốc vào mục tiêu bệnh. Độ bám càng lớn (càng âm) thì khả năng ức chế tính năng bệnh càng cao và từ đó rank càng cao (số hạng càng nhỏ). Ở trang này bạn sẽ thấy nút menu (ba gạch ở góc dưới phải). Nhấp vào thì bạn sẽ thấy chức năng phân tích. Ứng viên càng nhiều hydrogen bonds hay closed contacts với mục tiêu bệnh sẽ có độ bám cao. Hàng nút dưới cùng cho phép bạn chạy thí nghiệm mới với việc chọn ứng viên thuốc khác, xem tất cả kết quả của mình, hay chia sẻ kết quả trên FB.
4. Sau khi chạy một số ứng viên từ thư viện bạn sẽ nhận ra một số nguyên tắc trong tương tác giữa ứng viên thuốc và mục tiêu bệnh. Lúc đó bạn có thể sử dụng tính năng ‘Edit Ligand’ để sửa đổi cấu trúc của ứng viên. ViDok sẽ mở trang vẽ cấu trúc ứng viên thuốc 2D và bạn có thể dùng ngón tay để vẽ thêm hay sửa đổi cấu trúc theo ý mình. Sau đó nhấp vào ‘View 3D’ để xem cấu trúc 3D của phân tử mà bạn vừa sửa. Nếu hài lòng thì nhấp vào nút ‘SUBMIT’ như ở phần 2.
5. Bạn có thể ấn vào nút ‘My Results’ để xem tổng hợp tất cả những thí nghiệm của bạn.
6. Khi có kết quả thú vị, bạn có thể ấn vào nút FB để share kết quả lên Facebook và mời bạn bè cùng tham gia nhé.
